Der Verein verzeichnete ein kräftiges Wachstum, und um dem entgegen zu kommen und die Entwicklung weiter zu fördern, bemühte sich der Vorstand ab Mitte der 90-iger Jahre um die Sanierung des Vereinsheims, das inzwischen in die Jahre gekommen war, sowie um den Bau von Umkleiden. Mit einer fröhlichen Feier wurde der Trakt 2000 eingeweiht. Die neuen Umkleiden boten nicht nur Duschen und entsprechende Räume für Zubehör, sondern auch Büro- und Freizeiträume und ein Vereinsbüro mit festen wöchentlichen Öffnungszeiten. Auch dies trug zum Zuwachs in der Jugendabteilung bei, gleichzeitig hielten die Computer beim FCD Einzug und die Mitgliederverwaltung wurde elektronisch .gepflegt. Das Vereinsheim aus dem Jahr 1959 wurde komplett saniert, erhielt eine neue Küche und Schankanlagen sowie Kühlräume und eine neue Heizung im Keller. Gleichzeitig kam ein neuer Wirt. Bärbel und Hugo Achatz führen bis heute das allseits beliebte Vereinslokal in bewährter Manier wie ihre Vorgänger Iris und Friedl Fohry, Herta und Willi Wichtlhuber, Hilde und Horst Schafranek sowie Sophie und Wasti Sievi.

Denn die Wirtsleutewaren und sind immer verantwortlich, dass für das „leibliche Wohl“ gesorgt ist und eine angenehme Atmosphäre herrscht, in der sich alle Vereinsmitglieder wohl fühlen. Parallel mit dem Umbau im Jahr 2000 wurde auch ein Kleinfeld mit Flutlicht errichtet, das den Platzmangel des Vereins milderte. Die 1. Mannschaft konnte bis zur Saison 94/95 ihre Position in der Bezirksliga halten, und es gelang ihr sogar mit Trainer Dieter Hochmuth für ein Jahr in der Bezirksoberliga zu spielen. Doch dann ging es zurück in die Bezirksliga. Im Jahr 2000 folgte schließlich sogar ein bitterer Gang zurück in die Kreisliga. Fast parallel war in der Saison 1995/96 die 2. Mannschaft erstmals aufstiegsberechtigt und ist auch sofort mit Trainer Rolf Thiemann in die Kreisklasse aufgestiegen, wo sie sich mit wechselnden Trainer bis 1999 hielt, ehe es für viele Jahre zurück in die A-Klasse ging.

Im Jahr 2000 standen bei der Jahreshauptversammlung auch wieder Vorstandswahlen an, bei denen Reinhold Köcher 1. Vorstand und Martin Schmid 2. Vorstand wurde. Beide haben es sich auf die Fahne geschrieben den Trend zur Jugendarbeit wesentlich zu verstärken. Dazu gehörte in diesen Jahren vor allem die Anwerbung kompetenter Trainer und eine verstärkte Zusammenarbeit mit der Sportschule Oberhaching, die zu gleichen Teilen im Besitz des BFV und des BLSV ist. Dies ermöglichte es, Jugendtrainer aus den eigenen Reihen dort ausbilden zu lassen. 2007 konnte der Verein außerdem eine neue Flutlichtanlage installieren, die das Training am Abend erleichterte, denn aufgrund der zahlreichen Mannschaften waren die Plätze sehr stark belegt. Für die 1. Mannschaft konnte 2000 der Spielertrainer Michael Niklaus, ehemaliger Zweitliga-Spieler bei der Spvgg Unterhaching, verpflichtet werden. Ihm gelang es nach einigen Anläufen im Jahr 2004 die Mannschaft in die Bezirksliga zu führen. Leider blieb es bei einem einjährigen Gastspiel, und es folgte für zwei Jahre der Abstieg zurück in die Kreisliga. 2005 wechselte der FC Deisenhofen, der immer in der Gruppe München gespielt hat, erstmals in eine Zugspitzgruppe und spielte somit verstärkt auch im Oberland. Dies bot unter anderem die Möglichkeit auf besseren Plätzen als in München zu spielen, da dort oftmals nur Hartplätze zur Verfügung standen.

"Das Runde muss ins Eckige" (6)